因为许下了想要从此以后变得不平凡的愿望的橘千枫,转生成了英灵,性别还发生了更改。
然而他的愿望,在世界范围内引发了许多灾难,无意中增添了许多会使灵长类动物灭亡的危机。为延续灵长类动物生存而存在的抑止力——阿赖耶识,等到橘千枫在御主雾原真理家醒来后,和橘千枫谈起了她引发的变化,并要求她去消除这些危机。
阿赖耶以死亡为威胁条件,橘千枫不得不答应她的要求。经过一小段时间的成长,有了一定战斗力的她,加入了冬木市第五次圣杯战争。在柳洞寺从Caster手中救下卫宫士郎、于穗群原学园击退Caster的影分身和傀儡兵、与Lancer在月光下独斗并击退他。橘千枫一点一滴地成长着。
一直关注着橘千枫成长的雾原真理,发现橘千枫已经能独当一面了,便启动了自己的行动计划。她先是与卫宫士郎、远坂凛联手,对Berserker的御主伊莉雅的据点——森林中的德式城堡发起了进攻,成功地战胜了伊莉雅和Berserker。选择了投降的伊莉雅住入了卫宫家,并坦明了自己的身份。
在制定了严密的作战计划后,橘千枫等人攻上了柳洞寺,除掉了Caster和Assassin,却没有想到Archer突然反水,猝不及防地对卫宫士郎发起攻击,最先反应过来的橘千枫从Archer手中救下了卫宫士郎,却因此身受重伤……
怒火中烧的卫宫士郎,和Archer约定在柳洞寺来一场男人之间的对决……